ポケコインやアイテム（道具）を購入したのに表示されないケースがあるようで、公式の既知の問題にも対応方法が紹介されています。
要は一回ログアウトして再度ログインすると購入したポケコインが反映されるということのようです。
実際に私も課金してポケコンを購入してみたのですが、ゼロのままで反映されなかったのでガイド通りの手順を踏んだところポケコインが表示されました。
1. 購入したのにポケコインがゼロ(0)のまま
2. 地図画面の右上の設定からサインアウト
確認があるので「はい」をタップします。
3. 再度、ログインしなおします
4. 購入したポケコインが表示されました
ポケモンGO知ってて得する遊び方
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